Tras un conflicto árduo y sangriento, en el año 2.044, los defensores supervivientes de la Tierra, tuvieron éxito al expulsar a los Invid del planeta. Ahora todos ellos tienen una misión decisiva para el futuro de la Humanidad, encontrar al mítico almirante Rick Hunter, cuya nave SDF-3 se perdió durante la lucha final. Una misión de salvamento parte en su busca. Ahora cuentan con nuevas unidades de combate conocidas como Shadows, que tienen la capacidad de ocultar su fuente de Protocultura para así evitar ser descubiertos.

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