為因應亞太防制洗錢組織(Asia/Pacific Group on Money Laundering,APG)2018年的第三輪評鑑，行政院於2017年3月16日，假最高法院檢察署特別偵查組(已廢除)舊址的國防部文化營區5樓，成立行政院級的「洗錢防制辦公室」，透過專責辦公室之方式，全力培訓中央部會人員，並全力推動第三輪相互評鑑籌備工作之進行。
洗錢防制辦公室由政務委員羅秉成直接督導，並由法務部陳政務次長明堂兼任辦公室主任，並借調包含法務部、經濟部、財政部、內政部警政署、法務部調查局等部會人員及相關私部門人員，作為本辦公室組成人員。
洗錢防制辦公室主任以下設執行秘書、副執行秘書各1人，負責辦公室業務之督導及執行。執行秘書一職，目前由臺灣高等檢察署檢察官蘇佩鈺兼辦。辦公室並分設政策、實務二組，由現行辦公室人員分為二組各司其職。
本辦公室於106年3月16日掛牌後，將針對國家風險評估報告、評鑑宣導與教育、國家風險評估等三個面向同步進行。國家風險評估報告部分，針對國際反洗錢工作準則的40項建議，密集與相關的公私部門展開直接協調及檢視並於107年首度發布。一方面了解各部門、行業執行進度，另一方面則審視有無疏漏，立刻改進。
在各公私部門全力防制洗錢及打擊資恐下，於108年10月獲亞太防制洗錢組織（Asia-Pacific Group on Money Laundering，簡稱APG）公布第三輪相互評鑑結果為「一般追蹤」等級，此為亞洲太平洋地區之最佳成績，並於110年12月在APG相互評鑑委員會上獲正式追認，持續維持「一般追蹤」之最佳等級。
與此同時，本辦公室亦完成第2次國家風險評估報告，此份報告除首度針對我國資助武器擴散風險進行評估外，並就前次風險評估已辨識出的洗錢資恐威脅及弱點重新進行全面性的盤點與更新。
正因為台灣歷經從不及格到亞洲第一地過程，本辦公室格外謹慎，遵循APG及「防制洗錢金融行動工作組織」（FATF）所提建議，使台灣在防制洗錢、打擊資控及資助武器擴散地努力，不因評鑑結束而鬆懈，反而更致力精進各項作為，做好「金流透明」，竭力展現台灣的國際責任與政府承諾。